Στο Μικροβιολογικό Εργαστήριο της ΒΙΟΙΑΤΡΙΚΗΣ πραγματοποιούνται:

• Καλλιέργειες βιολογικών υγρών και κλινικών δειγμάτων
• Καλλιέργειες αίματος
• Ταυτοποίηση βακτηρίων και μυκήτων
• Έλεγχος ευαισθησίας στα αντιβιοτικά – αντιβιόγραμμα
• Γενική ούρων και ανάλυση ιζήματος
• Μικροσκόπηση ούρων με αντίθεση φάσης
• Ανάλυση σπέρματος – σπερμοδιάγραμμα
• Ανοσοχρωματογραφικές εξετάσεις κοπράνων
• Παρασιτολογικές εξετάσεις κοπράνων
• Ταχεία μοριακή ανίχνευση παθογόνων με multiplex PCR panels

Οι καλλιέργειες χρησιμοποιούνται για την ανίχνευση και απομόνωση παθογόνων μικροοργανισμών, όπως βακτήρια και μύκητες, από διαφορετικά βιολογικά δείγματα.

Ανάλογα με το είδος του μικροοργανισμού, η ανάπτυξη πραγματοποιείται σε κατάλληλα θρεπτικά υλικά και υπό αερόβιες, αναερόβιες ή ειδικές συνθήκες επώασης, όπως συνθήκες αυξημένου διοξειδίου του άνθρακα (CO₂).

Οι καλλιέργειες μπορεί να αφορούν:

• Ρινικό έκκριμα
• Φαρυγγικό επίχρισμα
• Πτύελα
• Πλευριτικό υγρό
• Ασκιτικό υγρό
• Πύο και δείγματα τραύματος
• Δερματικές βλάβες
• Κολπικό υγρό
• Σπέρμα
• Ουρηθρικό έκκριμα
• Προστατικό υγρό
• Ούρα
• Κόπρανα
• Εγκεφαλονωτιαίο υγρό – ΕΝΥ

Πραγματοποιούνται επίσης εξειδικευμένες καλλιέργειες ή βιοχημικές ταυτοποιήσεις για μικροοργανισμούς όπως το μυκόπλασμα, το ουρεόπλασμα, το Campylobacter και η Yersinia enterocolitica.

Καλλιέργειες αίματος

Οι καλλιέργειες αίματος πραγματοποιούνται με τη χρήση του αυτοματοποιημένου συστήματος BACT/ALERT της BioMérieux, το οποίο παρέχει συνεχή παρακολούθηση των δειγμάτων και έγκαιρη ειδοποίηση σε περίπτωση ένδειξης μικροβιακής ανάπτυξης.

Η καλλιέργεια αίματος χρησιμοποιείται για τη διερεύνηση περιπτώσεων στις οποίες υπάρχει υποψία παρουσίας μικροοργανισμού στην κυκλοφορία του αίματος, όπως σε σοβαρές συστηματικές λοιμώξεις, σηψαιμία, ενδοκαρδίτιδα, μηνιγγίτιδα ή πνευμονία.

Η ακριβής ταυτοποίηση του μικροοργανισμού και ο έλεγχος της ευαισθησίας του στα αντιβιοτικά αποτελούν σημαντικά στάδια της εργαστηριακής διερεύνησης μιας βακτηριακής λοίμωξης.

Η μικροβιακή αντοχή στα αντιβιοτικά αποτελεί ένα ιδιαίτερα σημαντικό ζήτημα, καθώς ανθεκτικά ή πολυανθεκτικά βακτήρια εντοπίζονται τόσο σε νοσοκομειακές λοιμώξεις όσο και σε λοιμώξεις της κοινότητας.

Ταυτοποίηση με VITEK MS PRIME

Μετά την απομόνωση του μικροοργανισμού στα κατάλληλα θρεπτικά υλικά, η ταυτοποίησή του πραγματοποιείται με το αυτοματοποιημένο σύστημα VITEK MS PRIME της BioMérieux.

Το σύστημα αξιοποιεί την τεχνολογία φασματομετρίας μάζας MALDI-TOF, επιτρέποντας την ταχεία και αξιόπιστη ταυτοποίηση βακτηρίων και μυκήτων.

Έλεγχος ευαισθησίας στα αντιβιοτικά

Ο έλεγχος ευαισθησίας στα αντιβιοτικά, γνωστός και ως αντιβιόγραμμα, πραγματοποιείται με τη χρήση των αυτοματοποιημένων αναλυτών VITEK 2 και εξειδικευμένων καρτών, ανάλογα με το είδος του μικροοργανισμού.

Η εξέταση βασίζεται στον προσδιορισμό της Ελάχιστης Ανασταλτικής Συγκέντρωσης – MIC (Minimum Inhibitory Concentration), δηλαδή της μικρότερης συγκέντρωσης ενός αντιβιοτικού που μπορεί να αναστείλει την ανάπτυξη του συγκεκριμένου μικροοργανισμού.

Τα αποτελέσματα του αντιβιογράμματος παρέχουν στον θεράποντα ιατρό χρήσιμες πληροφορίες για την επιλογή της κατάλληλης θεραπευτικής αντιμετώπισης.

Η γενική ούρων πραγματοποιείται με δύο πλήρως αυτοματοποιημένα συστήματα αναλυτών της SYSMEX, τα οποία περιλαμβάνουν:

• Τον αναλυτή UC-3500, ο οποίος χρησιμοποιεί ανακλαστική φωτομετρία για την αξιολόγηση των βιοχημικών χαρακτηριστικών των ούρων
• Τον αναλυτή UF-4000, ο οποίος χρησιμοποιεί κυτταρομετρία ροής για την ανάλυση των έμμορφων συστατικών
• Τον αναλυτή UD-10, ο οποίος παρέχει ψηφιακή απεικόνιση του ιζήματος των ούρων

Τα αυτοματοποιημένα συστήματα διαθέτουν δυνατότητα ανάγνωσης barcode και παρέχουν πληροφορίες για παραμέτρους όπως:

• Λευκά αιμοσφαίρια – πυοσφαίρια
• Ερυθρά αιμοσφαίρια
• pH
• Νιτρώδη
• Λεύκωμα
• Γλυκόζη
• Κετόνες
• Ουροχολινογόνο
• Χολερυθρίνη
• Ειδικό βάρος
• Χρώμα και όψη των ούρων

Ο αναλυτής UF-4000 ταξινομεί και προσδιορίζει ποσοτικά οργανικά συστατικά των ούρων, όπως ερυθρά και λευκά αιμοσφαίρια, επιθηλιακά κύτταρα, κυλίνδρους και βακτήρια.

Με τη χρήση του συστήματος ψηφιακής απεικόνισης UD-10 μπορούν επίσης να εντοπιστούν στοιχεία όπως παθολογικοί κύλινδροι, κρύσταλλοι, μικρά σφαιρικά κύτταρα, σπερματοζωάρια, μύκητες και βλέννη.

Μικροσκόπηση ούρων με αντίθεση φάσης

Η μικροσκόπηση αντίθεσης φάσης – phase contrast πραγματοποιείται με μικροσκόπιο OLYMPUS CX31 και επιτρέπει τη διάκριση δύσμορφων ερυθροκυττάρων.

Η εξέταση συμβάλλει στη διερεύνηση της πιθανής προέλευσης των ερυθρών αιμοσφαιρίων σε περιπτώσεις αιματουρίας και παρέχει χρήσιμες πληροφορίες για την περαιτέρω ιατρική αξιολόγηση.

Το σπερμοδιάγραμμα πραγματοποιείται με τον αυτόματο αναλυτή σπέρματος IVOS II της Hamilton Thorne, ο οποίος διαθέτει εξειδικευμένο σύστημα ανάλυσης εικόνας.

Μέσω της αυτοματοποιημένης ανάλυσης πραγματοποιείται αντικειμενική αξιολόγηση βασικών παραμέτρων του σπέρματος, όπως:

• Ο αριθμός και η συγκέντρωση των σπερματοζωαρίων
• Η κινητικότητα
• Η ταχύτητα κίνησης
• Η προωθητική ικανότητα των σπερματοζωαρίων
• Η μορφολογία τους

Η μορφολογία των σπερματοζωαρίων αξιολογείται με βάση τα αυστηρά μορφολογικά κριτήρια Kruger.

Το σπερμοδιάγραμμα αποτελεί βασική εργαστηριακή εξέταση για τη διερεύνηση της ανδρικής γονιμότητας και αξιολογείται σε συνδυασμό με το ατομικό ιστορικό και τις οδηγίες του θεράποντος ιατρού.

Στο Μικροβιολογικό Εργαστήριο πραγματοποιούνται μικροβιολογικές, ανοσοχρωματογραφικές και παρασιτολογικές εξετάσεις κοπράνων για τη διερεύνηση γαστρεντερικών λοιμώξεων.

Ανοσοχρωματογραφικές εξετάσεις

Με τη μέθοδο της ανοσοχρωματογραφίας πραγματοποιείται η ανίχνευση:

• Τοξινών Α και Β του Clostridium difficile
• Αντιγόνου του Helicobacter pylori
• Αντιγόνων αδενοϊού
• Αντιγόνων ροταϊού
• Αντιγόνων νοροϊού

Οι εξετάσεις επιλέγονται ανάλογα με την κλινική εικόνα και το υπό διερεύνηση αίτιο της γαστρεντερίτιδας ή άλλης γαστρεντερικής διαταραχής.

Παρασιτολογικές εξετάσεις κοπράνων

Η παρουσία παρασίτων στα κόπρανα μπορεί να διερευνηθεί με μικροσκοπική εξέταση παρασκευάσματος, χρησιμοποιώντας φυσιολογικό ορό ή διάλυμα Lugol.

Όταν κρίνεται απαραίτητο, εφαρμόζονται μέθοδοι εμπλουτισμού και καθίζησης του δείγματος ή ειδικές χρώσεις, όπως:

• Σιδηρούχος αιματοξυλίνη
• Τρίχρωμη χρώση
• Τροποποιημένη οξεάντοχη χρώση Kinyoun

Η ανίχνευση αντιγόνων των Giardia lamblia, Cryptosporidium parvum και Entamoeba histolytica μπορεί επίσης να πραγματοποιηθεί με ανοσοχρωματογραφικές μεθόδους.

Τα σύγχρονα multiplex μοριακά panels επιτρέπουν την ταυτόχρονη ανίχνευση πολλαπλών παθογόνων μικροοργανισμών από ένα δείγμα.

Η τεχνολογία PCR «sample-to-answer» αυτοματοποιεί τα βασικά στάδια της μοριακής εξέτασης και παρέχει ταχεία εργαστηριακή πληροφόρηση. Η επιλογή του κατάλληλου panel πραγματοποιείται ανάλογα με τα συμπτώματα, το είδος του δείγματος και την ιατρική ένδειξη.

Το BIOFIRE FILMARRAY Gastrointestinal Panel αποτελεί μία ταχεία multiplex μοριακή εξέταση για τη διερεύνηση λοιμώξεων του γαστρεντερικού συστήματος.

Με μία λήψη δείγματος κοπράνων μπορεί να ανιχνεύσει ταυτόχρονα 22 διαφορετικά παθογόνα: 13 βακτήρια, 5 ιούς και 4 παράσιτα.

Αντί να πραγματοποιούνται διαδοχικοί έλεγχοι για έναν μόνο μικροοργανισμό κάθε φορά, το GI Panel εξετάζει ταυτόχρονα πολλαπλά πιθανά αίτια λοιμώδους γαστρεντερίτιδας.

Βακτήρια

• Campylobacter — C. jejuni, C. coli και C. upsaliensis
• Clostridioides difficile — τοξίνες A/B
• Plesiomonas shigelloides
• Salmonella
• Vibrio — V. parahaemolyticus, V. vulnificus και V. cholerae
• Vibrio cholerae
• Yersinia enterocolitica
• Enteroaggregative Escherichia coli – EAEC
• Enteropathogenic Escherichia coli – EPEC
• Enterotoxigenic Escherichia coli – ETEC lt/st
• Shiga-like toxin-producing Escherichia coli – STEC stx1/stx2
• Escherichia coli O157
• Shigella/Enteroinvasive Escherichia coli – EIEC

Ιοί

• Adenovirus F40/41
• Astrovirus
• Norovirus GI/GII
• Rotavirus A
• Sapovirus – τύποι I, II, IV και V

Παράσιτα

• Cryptosporidium
• Cyclospora cayetanensis
• Entamoeba histolytica
• Giardia lamblia

Το BIOFIRE Pneumonia Panel plus αποτελεί multiplex μοριακή εξέταση για την ταυτόχρονη ανίχνευση παθογόνων που σχετίζονται με λοιμώξεις του κατώτερου αναπνευστικού συστήματος.

Η εξέταση πραγματοποιείται σε δείγματα πτυέλων ή βρογχοκυψελιδικού εκπλύματος – BAL και μπορεί να ανιχνεύσει βακτήρια, άτυπα βακτήρια, ιούς και επιλεγμένα γονίδια ανθεκτικότητας στα αντιμικροβιακά.

Για τα συχνότερα βακτήρια παρέχεται ημιποσοτική εκτίμηση της σχετικής αφθονίας του μικροβιακού γενετικού υλικού.

Βακτήρια με ημιποσοτική αναφορά

• Σύμπλοκο Acinetobacter calcoaceticus–baumannii
• Σύμπλοκο Enterobacter cloacae
• Escherichia coli
• Haemophilus influenzae
• Klebsiella aerogenes
• Klebsiella oxytoca
• Ομάδα Klebsiella pneumoniae
• Moraxella catarrhalis
• Proteus spp.
• Pseudomonas aeruginosa
• Serratia marcescens
• Staphylococcus aureus
• Streptococcus agalactiae
• Streptococcus pneumoniae
• Streptococcus pyogenes

 Άτυπα βακτήρια

• Chlamydia pneumoniae
• Legionella pneumophila
• Mycoplasma pneumoniae

 Ιοί

• Αδενοϊός
• Εποχιακός κορωνοϊός
• Κορωνοϊός του Αναπνευστικού Συνδρόμου της Μέσης Ανατολής – MERS-CoV
• Ανθρώπινος μεταπνευμονοϊός
• Ανθρώπινος ρινοϊός/εντεροϊός
• Ιός γρίπης Α
• Ιός γρίπης Β
• Ιός παραγρίπης
• Αναπνευστικός συγκυτιακός ιός – RSV

 Γονίδια ανθεκτικότητας στα αντιμικροβιακά

• CTX-M
• IMP
• KPC
• mecA/C και MREJ – MRSA
• NDM
• OXA-48-like
• VIM

Η ανίχνευση γονιδίων ανθεκτικότητας παρέχει σημαντική συμπληρωματική πληροφορία, η οποία συνεκτιμάται με την καλλιέργεια, το αντιβιόγραμμα και την κλινική εικόνα.

Το BIOFIRE SPOTFIRE Respiratory/Sore Throat – R/ST Panel είναι μία αυτοματοποιημένη μοριακή εξέταση PCR τύπου «sample-to-answer».

Ανάλογα με την κλινική εικόνα, πραγματοποιείται σε δείγμα ρινοφαρυγγικού ή φαρυγγικού επιχρίσματος και μπορεί να ανιχνεύσει έως 15 βακτηριακούς και ιικούς στόχους που σχετίζονται με αναπνευστικές λοιμώξεις ή φαρυγγίτιδα.

Ιοί

• Αδενοϊός
• Εποχιακός κορωνοϊός
• SARS-CoV-2
• Ανθρώπινος μεταπνευμονοϊός
• Ανθρώπινος ρινοϊός/εντεροϊός
• Ιός γρίπης Α
• Ιός γρίπης Α/H1-2009
• Ιός γρίπης Α/H3
• Ιός γρίπης Β
• Ιός παραγρίπης
• Αναπνευστικός συγκυτιακός ιός – RSV

Βακτήρια σε ρινοφαρυγγικό ή φαρυγγικό δείγμα

• Chlamydia pneumoniae
• Mycoplasma pneumoniae

Πρόσθετα βακτήρια αναπνευστικού panel

• Bordetella parapertussis
• Bordetella pertussis

Πρόσθετα βακτήρια panel φαρυγγίτιδας

• Streptococcus dysgalactiae  – στρεπτόκοκκος ομάδας C/G
• Streptococcus pyogenes – στρεπτόκοκκος ομάδας Α

Ο ακριβής κατάλογος των μικροοργανισμών που ελέγχονται και αναφέρονται εξαρτάται από τον τύπο του δείγματος και το επιλεγμένο διαγνωστικό menu.